因为SE5之前还没有泛型，但实际上很多代码迫切需要泛型来解决问题。
举个例子，比较两个数组是否“值相等“的Arrays.equals()方法。因为底层实现调用的是Object.equals()方法，和数组中元素的具体类型无关。
for (int i=0; i<length; i++) {
Object o1 = a[i];
Object o2 = a2[i];
if (!(o1==null ? o2==null : o1.equals(o2)))
return false;
}
所以当然不想设计成每个类型都要重新定义Arrays.equals( )方法。而是”泛化“地接受任何元素类型的数组为参数，就像现在这样：
public static boolean equals(Object[] a, Object[] a2) {
... ...
}
要让Object[]能接受所有数组类型，那个时候又没有泛型，最简单的办法就是让数组接受协变，把String[]，Integer[]都定义成Object[]的派生类，然后多态就起作用了。
但为什么数组设计成”协变“不会有大问题呢？这是基于数组的一个独有特性： 数组记得它内部元素的具体类型，并且会在运行时做类型检查。 插一句，这也是为什么不能创建泛型数组的原因，数组创建时必须知道确切类型。此处先不表，参见另一个回答：《java为什么不支持泛型数组？》
这就是题主问题里代码能通过编译，但运行时报错的原因：
Number[] num = new Integer[10];
num[0] = 2.1;
num变量记得它内部元素是Integer。所以运行时给它插入double型的时候不让执行。
这反而是数组的优点，也是当初”敢于“把数组设计成协变的原因。虽然向上转型以后，编译期类型检查放松了，但因为数组运行时对内部元素类型看得紧，不匹配的类型还是插不进去的。
这也是为什么容器Collection不能设计成协变的原因。Collection不做运行时类型检查，比较耿直。还是题主Number的例子，如果Collection接受”协变“，List
List<Integer> integerList = new ArrayList<Integer>();
List<Number> num = integerList; // 假设现在容器接受”协变“
这时候我想往List
num.add(new Double(2.1));
然后当我们从原先的integerList里面取东西，才会发现出问题了。虽然看上去从integerList里取Integer，我们的操作无可指责。但取出来的却是Double型。
Integer itg=integerList.get(0); //BOOM！
而且，在引入了通配符（Wildcard）之后，协变的功能也已经被实现了。而且配合通配符的”上界“和”下界“一起用，容器内元素的类型还是受到严格控制的，虽然有点复杂。
List<? extends Number> derivedNum=new ArrayList<Integer>();
关于通配符，可以看另外两个回答：
[**《List<?>和List
所以总的来说，虽然数组的协变不是一个完美的设计，但也不能算非常烂。起码还能用，没有捅出大篓子。而且数组又不支持泛型，底层类库到处是Object[]，现在也不可能改了。